当论文在知网查重过程中出现格式不对的情况时，首先需要仔细检查论文的格式是否符合要求。可以逐一检查论文的字数、行间距、字体、页边距等格式要求，确保与知网要求一致。若发现格式不对，可以尝试调整格式，然后重新上传进行查重。另外，也可以咨询导师或相关技术人员，寻求帮助解决格式不对的问题。在处理过程中，要保持耐心和细心，确保论文格式符合要求，顺利通过查重。

除了检查论文格式外，还可以尝试将论文内容复制到文本编辑器中，去除格式，再重新粘贴到知网进行查重。有时候格式不对可能是由于特殊符号、格式代码等原因导致的，去除格式后再上传可能会解决问题。另外，也可以尝试将论文转换成PDF格式再上传查重，有时候PDF格式相对较为稳定，可以避免格式不对的情况。总之，遇到论文在知网查重格式不对的情况，可以尝试多种方法解决，保证论文顺利通过查重。