研究生在撰写论文时，可能会存在直接复制粘贴他人文章、过分引用他人观点、使用相似的表达方式等行为，导致知网查重后留下痕迹。此外，一些格式化问题、标点符号不规范、参考文献格式错误等也可能成为留下查重痕迹的原因。为避免这些问题，研究生在写作时应注意保持原创性，正确引用他人观点并规范参考文献格式，避免格式化问题。

另外，研究生在使用知网查重时，应当注意避免重复提交论文，避免多次查重留下痕迹。同时，可以在查重前对论文进行自查，确保文中没有明显的抄袭现象。此外，熟悉知网查重系统的使用方法，正确设置筛选参数，可以有效减少留下查重痕迹的可能性。综上所述，研究生应当重视知网查重留痕迹问题，通过规范写作和正确使用查重工具，避免对论文原创性造成不利影响。